Alytaus nakvynės namai bendradarbiauja su:

• Alytaus miesto savivaldybės administracija bei Alytaus miesto socialinės paramos skyriumi;
• Lietuvos Raudonojo Kryžiaus draugijos Alytaus komitetu;
• Alytaus pataisos namais
  
• Šv. Angelų Sargų parapijos Caritu;
• Alytaus apskrities vyriausiuoju policijos komisariatu
  
• Alytaus užimtumo tarnyba;
• VŠĮ Alytaus medicininės reabilitacijos ir sporto centru;
• VŠĮ Alytaus poliklinika;
• VŠĮ Alytaus apskrities S. Kudirkos ligonine;
• VŠĮ Alytaus apskrities tuberkuliozės ligonine;
• Alytaus Šv. Kazimiero parapijos Caritas ir dekanatu;
• Alytaus miesto ir rajono pataisos inspekcija;
• Anoniminių alkoholikų klubais;
  
• kitomis nevyriausybinėmis organizacijomis;
• Jonavos nakvynės namai;
• UAB "Alvintra".