Alytaus nakvynės namai bendradarbiauja su:
- Alytaus miesto savivaldybės administracija bei Alytaus miesto socialinės paramos skyriumi;
- Lietuvos Raudonojo Kryžiaus draugijos Alytaus komitetu;
- Alytaus pataisos namais
- Šv. Angelų Sargų parapijos Caritu;
- Alytaus apskrities vyriausiuoju policijos komisariatu
- Alytaus užimtumo tarnyba;
- VŠĮ Alytaus medicininės reabilitacijos ir sporto centru;
- VŠĮ Alytaus poliklinika;
- VŠĮ Alytaus apskrities S. Kudirkos ligonine;
- VŠĮ Alytaus apskrities tuberkuliozės ligonine;
- Alytaus Šv. Kazimiero parapijos Caritas ir dekanatu;
- Alytaus miesto ir rajono pataisos inspekcija;
- Anoniminių alkoholikų klubais;
- kitomis nevyriausybinėmis organizacijomis;
- Jonavos nakvynės namai;
- UAB "Alvintra".